پژوهشکده تاریخ علم دانشگاه تهران (وابسته به دانشکده الهیات و معارف اسلامی) در سال 1375 بر اساس مجوز شماره 22/5097 مورخ 75/09/12 (جلسه 75/08/05 شورای گسترش آموزش عالی) با کسب موافقت اصولی از شورای گسترش آموزش عالی وزارت علوم، تحقیقات و فنّاوری تأسیس شد و در سال 1378 بر اساس مجوز شماره 22/1408 مورخ 78/03/30 (جلسه 78/03/01 شورای گسترش آموزش عالی) موفق به اخذ موافقت قطعی شد. اساسنامة پژوهشکده تاریخ علم در جلسه هیأت رئیسه دانشگاه تهران (سی‌امین جلسه، مورخ 86/09/05) به تصویب رسیده است.

هدف اصلی پژوهشکده «پژوهش و آموزش در زمینة تاریخ علوم در دورة اسلامی» است. چهار گروه پژوهشی ـ آموزشی تاریخ ریاضی، تاریخ نجوم، تاریخ پزشکی و داروسازی و تاریخ فیزیک و فناوری در جهان اسلام از گروه‌های مصوب پژوهشکده هستند. پژوهشکده همچنین از 1395 پژوهش در حوزه تاریخ علوم طبیعی ( کانی شناسی و گیاه شناسی و جانورشناسی) در جهان اسلام و تاریخ علم در ایران معاصر را آغاز کرده است.

پژوهشکده دارای شورای پژوهشی ـ آموزشی فعال است. اعضای شورای پژوهشکده از اعضای وابسته (دکتر حسین معصومی همدانی و دکتر محمد باقری و دکتر محمد جواد ناطق) و اعضای هیئت علمی پژوهشکده و رئیس پژوهشکده تشکیل شده است. پژوهشکده بر اساس چارت سازمانی (مجوز شماره 62/43989 مورخ 83/09/04 معاونت محترم طرح و برنامه دانشگاه تهران) اقدام به جذب 5 عضو هیئت علمی کرده است که با حذف پست های پژوهشی در دانشگاه این اعضا عضو گروه تاریخ و تمدن ملل اسلامی شده‌اند.

پژوهشکده از سال 1382 با کسب مجوزهای لازم اقدام به نشر مجله تاریخ علم کرده و بر اساس مجوز شماره 3/2595 مورخ 87/04/05 (جلسه کمیسیون بررسی نشریات علمی کشور مورخ 87/03/29) مدیرکل محترم امور پژوهشی وزارت علوم، تحقیقات و فناوری، مجوز علمی – پژوهشی را کسب کرده است. تاکنون 29 شماره از این مجله منتشر شده است.

سرفصل دروس دورۀ کارشناسی ارشد تاریخ علم در جلسه مورخ 82/06/11 شورای برنامه‌ریزی آموزشی دانشگاه تهران و در جلسه 506 مورخ 83/02/19 شورای گسترش آموزشی عالی، به تصویب رسید و بر همین اساس پژوهشکده از سال 1384 اقدام به جذب دانشجوی کارشناسی ارشد کرده است. تاکنون حدود 100 نفر از این رشته فارغ‌التحصیل شده‌اند. با ممنوعیت آموزش در مراکز پژوهشی آموزش در پژوهشکده زیر نظر گروه تاریخ و تمدن ملل اسلامی قرار کرفته است. سرفصل دوره دکتری تاریخ علم دوره اسلامی در جلسه شماره 932 شورای گسترش و برنامه‌ریزی آموزش عالی در تاریخ 1399/06/02به تصویب رسید. پژوهشکده بر این اساس با همکاری گروه تاریخ و تمدن ملل اسلامی در سال 1400 اقدام به جذب دانشجو دکتری خواهد کرد.

ساختمان پژوهشکده تاریخ علم واقع در خیابان انقلاب ـ خیابان قدس (بالاتراز طالقانی)، کوچه فرهنگی، پلاک23 بر اساس نامه شماره 6454 مورخ 86/02/19 رئیس پژوهشکده تاریخ علم به ریاست دانشگاه و موافقت ایشان، در اختیار پژوهشکده قرار گرفته است.